境外投資備案的辦理流程如下：

核準和備案管理：對于需要核準的境外投資項目，需要提交申請書、投資主體情況、目標企業(yè)名稱、投資金額及來源、股權結構、經營范圍及期限、投資具體內容等資料。對于需要備案的境外投資項目，需要提交《境外投資備案表》、企業(yè)營業(yè)執(zhí)照復印件等資料。

申請流程：企業(yè)需要通過商務部門的“境外投資管理系統(tǒng)”按要求填寫打印《境外投資申請表》，并加蓋印章。企業(yè)需要準備投資合同等相關文件。對于需要并購的境外投資項目，還需要提交《境外并購事項前期報告表》。最后，將所有資料提交給商務部門進行審核。

審核流程：商務部門對提交的資料進行審核，對于需要核準的項目，商務部門會在收到申請之日起7個工作日內出具審查意見，對于需要備案的項目，商務部門會在5個工作日內進行備案。

注意事項：在辦理境外投資備案時，需要注意以下幾點。企業(yè)需要按照要求準備相關資料，確保信息的真實性和準確性。企業(yè)需要遵守相關法律法規(guī)和監(jiān)管要求，確保投資行為合法合規(guī)。最后，在辦理過程中，企業(yè)可以咨詢專業(yè)律師或相關機構的意見，以保障自身利益。

辦理境外投資備案需要按照相關規(guī)定提交申請和所需資料，并遵守相關法律法規(guī)和監(jiān)管要求。