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代謝組學主要是通過對生物體的內(nèi)源性小分子代謝物進行定性和定量分析來闡明機體在不同生長時期或受其他刺激時的分子機制，揭示生命活動的本質(zhì)規(guī)律。質(zhì)譜技術(shù)可以對化合物進行快速高效的定性分析和準確的定量，是代謝組學分析的強有力工具。

代謝組學質(zhì)譜就是利用質(zhì)譜技術(shù)進行代謝組學分析，通常聯(lián)合質(zhì)譜技術(shù)與色譜技術(shù)分析復雜混合代謝物樣本，色譜技術(shù)主要用于實現(xiàn)各代謝物的分離。色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)包括液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用（LC-MS）和氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用（GC-MS）。LC-MS以液體作為流動相，不需要對樣本進行衍生化，適于分析一些熱不穩(wěn)定、不易揮發(fā)的分子量在1000Da以內(nèi)的大分子極性代謝物，如有機酸、核苷、核苷酸和多胺等。GC-MS以氣體作為流動相，需要將代謝物樣本通過復雜的化學衍生化處理轉(zhuǎn)化為氣態(tài)，GC/MS所檢測的代謝物類型與LC-MS互補，主要擅長對熱穩(wěn)定的、易揮發(fā)的分子質(zhì)量在300Da以內(nèi)的非極性小分子代謝物進行分析鑒定，而對不揮發(fā)的代謝物無能為力。

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